Des antibiotiques comme la doxycycline sont connus pour être particulièrement efficace si la maladie est à un stade précoce. L'amoxicilline est aussi largement utilisé pour lutter contre la maladie de Lyme et a été connu pour perturber les bactéries Borrelia par habitant sa multiplication cellulaire. Un autre médicament est la ceftriaxone, qui est administré par voie intraveineuse et peut perturber les bactéries à l'intérieur du système nerveux central.
D'autres médicaments incluent l'ibuprofène, qui est utilisé pour soulager la commune, et des douleurs musculaires qui sont une conséquence directe de la maladie de Lyme.