A côté de ces deux types, nous avons aussi hétérochromie central. Il est un état de l'œil où il ya deux couleurs dans les iris. Le (pupillaire) zone centrale de l'iris est différente de la (ciliaire) mi-zone périphérique. Elle est souvent appelée aussi souvent dénommée «yeux de chat» en raison de l'apparition d'un iris multicolores.
Ce type de heterchromia est causée par la faible quantité de mélanine.