L'histoire commence en 1993 en Somalie quand Elliot Salem et Tyson Rios (les protagonistes du jeu) sont encore dans le 75e Régiment des Rangers, où ils sont chargés de travailler avec Phillip Clyde de la sécurité et Strategy Corporation (SSC) pour assassiner Abdullahi Mo'alim. Après cette mission, Philip Clyde, au nom du chef de la direction SSC Ernest Stockwell, invite le lieutenant-colonel Richard Dalton (commandant du 75e régiment des Rangers) à se joindre à la société pour un travail de bureau.
Il est d'accord, demandant d'apporter Salem et Rios avec lui comme des entrepreneurs, et, l'année suivante, les trois entrer dans le secteur privé.
Salem et Rios commencent un tronçon de huit ans de travail mercenaire dans diverses opérations américaines jusqu'à les événements du 11 Septembre, 2001. Ils sont ensuite embauchés pour infiltrer une base de missiles de montagne (restes par les Russes de la guerre froide) en cours d'utilisation par Al-Qaïda.
Le sont chargés de la destruction de moyenne portée des missiles M-11, l'élimination du terroriste Al-Habiib, et le sauvetage de Brian Hicks (un autre dispositif SSC qui a été capturé cherche à accomplir les mêmes tâches). Après avoir tué Al-Habiib, ils détruisent une cache d'ogives chimiques avec l'aide d'un hacker, travaillant sous la poignée "Section Eight".
Il est annoncé dans les nouvelles que SSC a acquis Noir Industries de montagne, un autre PMC. La fusion fait SSC le plus grand PMC dans le monde, ce qui provoque la controverse qu'ils deviennent trop puissants.
Dalton rassure le public que leurs motivations sont pures.
En 2003, les deux sont renvoyés en Irak par Alice Murray, leur coordonnateur de la mission. Leur mission est de sauver le lieutenant-colonel Samuel Eisenhower, un ami de la vieille équipe Army Ranger de Salem et Rios. Ils sont dit qu'il a des informations vitales et est pris en otage dans une base américaine qui est tombé sous le contrôle de l'ennemi. Salem et Rios lui extraire avec succès à un hélicoptère. Cependant, peu après, il décolle, il explose.
Salem commente que Eisenhower morts, seulement il, Rios, Dalton, et un autre soldat du nom de Pedro sont les seuls membres survivants de leur ancienne unité de dix hommes. Ali Youssef, un terroriste irakien, revendique la responsabilité de la mort de Eisenhower, et les deux sont chargés de l'éliminer, son lieutenant, et sa base irakienne.
Après la mission, Sénateurs Alex Richter et Richard Whitehorse di