la maladie douloureuse appelée Hyrocephalus qui peut être diagnostiquée par le chiot ayant une tête enflée; il sera également léthargique et croître plus lentement que les frères et sœurs. La race est aussi connue pour leurs moleras, une petite place dans le crâne, ils sont la seule race à être né sans un crâne complet. La fontanelle remplit avec l'âge, mais le plus grand soin doit être pris pendant les six premiers mois jusqu'à ce que le crâne est entièrement formed.Chihuahuas font courir le risque d'hypoglycémie qui peut conduire au coma si sans surveillance.
Ils ont été également connus pour souffrir d'infections oculaires à cause de leurs grands yeux et faible garde au sol. La race a tendance à trembler, mais ce ne sont pas un problème de santé, il arrive normalement quand le chien est stressé ou excité. Ils ont la plus longue durée de vie d'un chien et peut vivre jusqu'à 18 ans.