Le lieutenant-général Shepherd est le commandant de la Force 141 fois la tâche et les Rangers de l'armée, et devient un antagoniste après qu'il trahit les membres du Groupe de travail près de la fin de la partie. Vladimir Makarov, un ancien protégé de Imran Zakhaev, sert l'antagoniste principal dans la plupart de l'histoire.
Malgré les efforts de l'United States Marine Corps et le Special Air Service, les ultranationalistes prendre le contrôle de la Russie et de déclarer Imran Zakhaev un héros et martyr, en érigeant une statue de lui dans le cœur de la Place Rouge.
Pendant ce temps, Vladimir Makarov, l'un des anciens lieutenants de Zakhaev, commence une campagne contre l'Europe en commettant des actes de terrorisme au cours des cinq années
.
En Afghanistan, l'armée américaine Ranger Joseph Allen aide à la prise d'une ville à partir de insurgés. Impressionné par les capacités d'Allen, le lieutenant-général Shepherd le recrute en "Task Force 141", une unité anti-terroriste d'élite, multi-nationale sous le commandement de Shepherd.
Pendant ce temps, deux autres membres du 141, John "Soap" MacTavish et Gary "Roach" Sanderson infiltrer une base aérienne russe dans les montagnes du Tian Shan pour récupérer un ACS (Attaque système de caractérisation des) module d'un satellite écrasé.
Allen est ensuite envoyé sur une mission d'infiltration en Russie pour la CIA, rejoignant Makarov dans un massacre de civils à l'aéroport international Zakhaev à Moscou. Makarov a été au courant de l'identité de Allen et le tue lors de l'extraction, laissant son corps pour déclencher une guerre entre la Russie et l'Amérique.
Irrité par ce que l'on croyait être une attaque terroriste américaine soutenue, la Russie riposte par une invasion surprise massive sur les Etats-Unis après avoir contourné son système d'alerte précoce, révélant que le module ACS MacTavish et Sanderson récupérés avait déjà été compro