Connu pour être l'un des meilleurs de l'Université de l'Asie
Sans doute le meilleur de l'Université des Philippines selon plusieurs sources
L'Université Ateneo de Manille a commencé en 1859 lorsque jésuites espagnols établi la Escuela Municipal de Manille, une école primaire publique établie dans Intramuros pour la ville de Manille. Cependant, la tradition éducative de l'Ateneo embrasse l'histoire beaucoup plus ancienne des jésuites comme un ordre d'enseignement dans les Philippines. Les premiers jésuites espagnols sont arrivés dans le pays en 1581.
Bien que principalement missionnaires, ils étaient aussi les gardiens de la Ratio studiorum, le système de l'éducation jésuite formulée à propos de 1559. En 1590, ils ont fondé l'un des premiers collèges dans les Philippines, le Colegio de Manille (aussi connu comme le Colegio Seminario de San Ignacio) sous la direction d'Antonio Sedeño, SJ L'école a ouvert officiellement en 1595. En 1621, le pape Grégoire XV, par l'archevêque de Manille, a autorisé le San Ignacio à conférer des diplômes en théologie et les arts.
Deux ans plus tard, le roi Philippe IV d'Espagne a confirmé cette autorisation, faire de l'école un royal et une université pontificale, la première université dans les Philippines et en Asie. Cependant, par le milieu du 18e siècle, les puissances coloniales catholiques, notamment la France, le Portugal, et l'Espagne, avaient grandi hostile à la Compagnie de Jésus. Les puissances coloniales finalement expulsés de la Société, souvent assez brutalement, de leurs royaumes.
Les Jésuites ont dû renoncer à la San Ignacio aux autorités civiles espagnoles en 1768, lors de leur expulsion violente de tous les territoires espagnols. Enfin, sous la pression de la royauté catholique, le pape Clément XIV a officiellement déclaré la dissolution de la Compagnie de Jésus en 1773. pape Pie VII rétablit la Société en 1814, après presque sept décennies de persécution et de plus de quatre décennies de répression officielle. Cependant, les Jésuites ne reviendrait pas à les Philippines jusqu'en 1859, presque un siècle après leur expulsion.
Autorisé par un décret royal de 1852, dix jésuites espagnols sont arrivés à Manille le 14 Avril 1859. Cette mission jésuite a été envoyé principalement pour le travail missionnaire à Mindanao et Jolo. Cependant, malgré près d'un siècle à l'écart des Philippines, la réputation des jésuites comme éducateurs est restée ancrée dans l'esprit des dirigeants de Manille. Le